Haruka dan Sora Kasugano akan pulang, ke tempat yang penuh dengan kenangan.
Setelah kehilangan orang tua mereka dalam kecelakaan mobil yang tragis, si kembar memutuskan untuk kembali ke pedesaan dan memulai hidup baru di rumah kakek mereka, yang selalu mengingatkan akan momen-momen dari masa lalu mereka. Yang menyapa mereka adalah teman masa kecil Nao Yorihime dan Akira Amatsume, dan pendatang baru Kazuha Migiwa. Ini adalah sambutan yang hangat, simbol dari hari-hari yang akan datang.
Kedamaian mereka hanyalah fana, namun, karena emosi yang tertekan, lahir dari sumpah baik yang baru ditemukan maupun yang terlupakan, mulai memberikan pengaruh mereka pada kehidupan baru si kembar. Dan jauh di lubuk hati, sebuah rahasia gelap, yang hanya diketahui oleh mereka, mulai terkuak.
Berdasarkan novel visual karya Sphere, Yosuga no Soratidak hanya mengeksplorasi kekuatan ingatan yang hilang dan cinta sejati ketika ikatan banyak orang terjalin, tetapi juga menimbulkan pertanyaan tentang moralitas dan penerimaan sosial.
