Ketika Perang Dunia II berakhir pada tahun 1945, Jepang menghadapi kehancuran yang meluas dalam bentuk pemboman Amerika, yang menghancurkan kota demi kota. Hotaru no Haka , juga dikenal sebagai Makam Kunang-Kunang , adalah kisah Seita dan saudara perempuannya Setsuko, dua anak Jepang yang hidupnya dirusak oleh perang brutal. Mereka telah kehilangan ibu, ayah, rumah, dan prospek masa depan cerah-semuanya merupakan akibat tragis dari perang.
Kini menjadi yatim piatu dan tunawisma, Seita dan Setsuko tidak punya pilihan selain hanyut ke pedesaan, dilanda kelaparan dan penyakit. Dihadapkan dengan sikap apatis orang dewasa, mereka menyadari bahwa keadaan yang menyedihkan dapat membuat orang yang paling baik hati menjadi kejam, namun harapan masa muda mereka bersinar terang dalam menghadapi kesulitan yang tak henti-hentinya, mencegah saudara kandung untuk segera menyerah pada nasib yang tak terelakkan.